吉林雁鸣湖国家级自然保护区位于吉林延边朝鲜族自治州敦化市境内,地处长白山脉张广才岭南麓,东与黑龙江省宁安县相邻,北与黄泥河林业局接壤,西南与敦化市官地镇、额穆镇、黑石乡相连,东南与敦化林业局相接,地理坐标为东经128度11分40秒至128度45分30秒,北纬43度39分20秒至43度51分28秒。保护区总面积为53940hm2,其中,核心区面积19649hm2,占保护区总面积的36.4%;缓冲区面积24846hm2,占保护区总面积的46.1%;试验区面积9445hm2,占保护区总面积的17.5%。
根据《自然保护区类型与级别划分原则》的划分标准,该保护区属于"生态系统类"类别,"内陆湿地和水域生态系统"类型的自然保护区,主要保护对象为牡丹江上游湿地及黑鹳、东方白鹳、丹顶鹤等珍稀濒危水禽及东北虎迁移的重要廊道。
该区属低山丘陵区,总体地势北高南低,张广才岭余脉马鹿岭、小岭等由北向南延伸到牡丹江沿岸,其间分布有溪流、谷地及草甸,构成本区复杂多样的地貌类型。