吉林松花江三湖国家级自然保护区位于吉林省东南部，地处长白山地向松嫩平原的过渡地带，属于自然生态系统类别、森林生态类型的自然保护区。主要保护对象为松花江上游森林生态系统及其生物多样性。    

保护区始建于1982年，最初为吉林市松花湖自然保护区，面积35.41万hm²。1990年，吉林省人民政府在原吉林市松花湖自然保护区基础上批准建立了吉林省松花江“三湖”保护区，面积114.50万hm²，成为东北地区面积最大的保护区。2009年经国务院批准，在保留原来省级保护区基础上，将区内森林生态系统较为完整、湿地类型较为丰富、珍稀濒危物种的重要栖息地，以及松花江上游水源的集中汇水区等重要保护区11.53万hm²保护地晋升为国家级自然保护区。2020年经过全省保护地优化整合，调整后的三湖国家级自然保护区总面积增至15.66万hm²，其中：核心保护区面积8.43万hm²，占保护区总面积的53.85%；一般控制区面积7.23万hm²，占保护区总面积的46.15%。    

保护区水系接属第二松花江水系，由南向北，在江上形成了三个梯阶人工湖，即松花湖、红石湖、白山湖。松花江三湖正常蓄水位线下以及连接三湖的江段最高水痕线内划为湖面区，总面积达55208 hm²，最大库容可达166.17亿m³，占吉林省地表水总量的38.2%。    

保护区属温带大陆性季风气候区，四季分明。春季干燥多风，夏季温热多雨，秋季凉爽多晴，冬季则严寒而漫长。年平均气温3.9~4.9℃，1月平均气温约-18℃，7月平均气温约20℃，昼夜温差较大，一般温差在15℃左右。年平均降水量644.8~825.1mm，雨热同季，雨量多集中在6、7、8月份，占全年降水量的60%以上。年日照时数2350~2450h，年辐射总量110~117kcal/km²。初霜一般在9月中下旬，终霜在5月上、中旬，全年无霜期92~134d。年平均风速为1.8~2.6m/s，春夏两季多为西南风，秋冬两季多刮西北风。最大风速可达21.7m/s。    

保护区土壤类型以暗棕壤为主，暗棕壤在本区分布极为广泛，是本区绝对优势土壤类型，占保护区土地面积的65%以上。白浆土分布在保护区中南部的玄武岩台地，占保护区土地面积的10%左右。本区另一个分布比较多的土壤类型为草甸土，主要分布在台地低洼处以及江河漫滩，其面积约占10%。此外，还有零散断续分布于江沿岸的沼泽土和低位泥炭土，其各土壤类型面积之和约占保护区土地面积的5%。    

保护区林地面积122844.03 hm²，占保护区总面积的78.43%，总蓄积18044955.45 m³，平均林木蓄积157.51 m³/ hm²。其中，有林地为主，面积111451.90 hm²，占保护区土地总面积的71.15%；疏林地、国家特别规定灌木林地和一般灌木林地所占比例均不足保护区面积的1%，面积分别为241.20 hm²、53.93 hm²、和135.00 hm²，分占保护区总面积的0.15%、0.03%和0.09%；未成林地2871 hm²，无立木林地和宜林地分别为3183 hm²和3848 hm²，，分别占保护区总面积的1.83、2.03、2.46%；另有辅助生产林地和非林地合计1016 hm²，占保护区总面积的0.68%。    

保护区湿地面积为21281 hm²，占全区面积的13.97。以库塘和永久性河流为主体，面积分别为10125 hm²和10017 hm²，分别占保护区总面积的6.65%和6.58%，分占保护区湿地总面积的47.58%和47.07%。    

保护区内野生植物除藻类外，共计160科1393种。低等植物地衣有16科65种；高等植物144科1328种。其中，高等植物包括苔藓植物25科60种；蕨类植物20科77种；裸子植物3科8种；被子植物96科1183种。被列入《国家重点保护野生植物名录（第一批）》的8种，国家Ⅰ级重点保护野生植物 1 种，即东北红豆杉。国家Ⅱ级重点保护野生植物 7 种，分别为红松、钻天柳、黄檗、紫椴、对开蕨、野大豆和浮叶慈姑；被列入《国家重点 保护野生植物名录（第二批）讨论稿》中的有 24 种，国家 I 级重点保护野生植 物为杓兰、斑花杓兰和人参，国家 II 级重点保护野生植物为刺五加、软枣猕猴 桃、狗枣猕猴桃、木天蓼、木通马兜铃、黄耆、长苞头蕊兰、凹舌兰、珊瑚兰、穿龙薯蓣、细毛火烧兰、天麻、角盘兰、蛇足石杉、羊耳蒜、沼兰、山楂海棠、 二叶兜被兰、北重楼、东北茶藨和五味子。 被列入濒危等级的共计15种，分别为东北红豆杉、黄檗、紫椴、浮叶慈姑、野大豆、杓兰、斑花杓兰、人参、凹舌兰、珊瑚兰、穿龙薯蓣、天麻、角盘兰、羊耳蒜和五味子，均为II级。 被列入 IUCN（International Union for Conservation of Nature 世界自然保护联盟）的有21种。其中，极危种（CR）1 种，为人参；濒危种（EN）4种，分别为东北红豆杉、斑花杓兰、蛇足石杉和山楂海棠；易危种（VU）4种，分别为对开蕨、红松、黄檗和钻天柳；近危种（NT）7种，为浮叶慈姑、杓兰、长苞头蕊兰、珊瑚兰、细毛火烧兰、角盘兰和木通马兜铃；低危种5种，为软枣猕猴桃、狗枣猕猴桃、木天蓼、五味子和北重楼。     

保护区地形复杂、生态系统多样，不仅生长着多样的植物类群，同样也蕴藏着较为丰富的大型真菌。现已知保护区拥有大型真菌2门6纲25目55科215种。以担子菌门的大型真菌种类占优势，为3纲8目204种，占大型真菌种类的94.88%。纲的组成以担子菌门的蘑菇纲占绝对优势，包含大型真菌种类199种，分别占大型真菌种类和担子菌门大型真菌种类的92.56%和97.55%。其中，以担子菌门蘑菇纲的藤菇目种类居多，为97种，分别占大型真菌种类和担子菌门大型真菌种类的 45.12%和 47.55%：其次为担子菌门蘑菇纲的多孔菌目和红菇目，分别包含34种和26种，为大型真菌组成种类的重要类目。    

保护区内野生动物资源丰富，分布有脊索动物6纲34目96科416种。其中，水生脊索动物6目15科72种；陆生脊索动物28目81科344种，包括鸟类17目54科264种，两栖类2目6科13种，爬行类3目4科14种和兽类 6 目 17 科53种。国家I级保护动物有9种，其中鸟类8种，兽类1种，分别为东方白鹳、黑鹳、中华秋沙鸭、白鹤、白头鹤、金雕、白尾海雕和紫貂。国家Ⅱ级保护野生动物有44种，其中鸟类35种，兽类9种，包括赤颈鸊鷉、黄嘴白鹭、白额雁、鸳鸯、苍鹰、大鵟、普通鵟、毛脚鵟、灰脸鵟、鹰雕、白尾鹞、鹊鹞、秃鹫、白头鹞、鸢、鹗、游、燕隼、灰背隼、红脚隼、黄 瓜隼、红隼、花尾榛鸡、白枕鹤、蓑羽鹤、灰鹤、花田鸡、红角鸮、领角鸮、雕 鸮、长尾林鸮、短耳鸮、长耳鸮、纵纹腹小鸮、棕熊、黑熊、青鼬、水獭、猞猁、马鹿。    

保护动物占全区野生脊索动物种数的12.74%。已知该区昆虫1236 种，隶属于17目，195科，其中国家珍稀濒危昆虫4种。    

目前已知保护区昆虫种类1236种，隶属于17目，195科。物种数比例大1%的有8个目，分别是：鳞翅目>鞘翅目>半翅目>膜 翅目>双翅目>直翅目>蜻蜓目>脉翅目；其中鳞翅目38科451种，占总物种数的36.49%；鞘翅目43科423种，占总物种数的34.22%；半翅目35科111种，占总物种数的8.98%；膜翅目21科64种，占总物种数的5.18%；双翅目11科56种，占总物种数的4.53%；直翅目12科55种，占总物种数的4.45%；蜻目9科32种，占总物种数的 2.59%；脉翅目5科 15种，占总物种数的1.21%。    

保护区在松花江上游的河源区，不仅是吉林省乃至东北地区的重要水能基地，而且是我国黄河以北地区淡水资源贮量最大，区位条件最好，可工程控制能力最强，可利用价值最高的水资源基地。由于特殊的地理、气候环境，这里不仅保存着温带针阔混交林带的地带性顶级植被——阔叶红松林，还保存着大面积呈自然原生态的次生森林群落资源。承担和松花江流域水源涵养、水土保持及地下水补给等功能，具有极高的保护价值。同时保护区丰富的森林资源、水资源和野生动植物资源对于维护地区生态安全、保障当地及松花江下游地区人民的生产生活及推进地区经济社会可持续发展，都具有十分重要作用。保护区在自然属性上除了有森林生态系统的多样性、湿地生态系统的典型性、脆弱性、淡水水源的珍贵性、物种稀有性、生物多样性和自然性外还体现了较明显的生态服务功能价值及科研、社会和经济价值。    

保护区生态旅游资源丰富，类型多样，分布面积广，其中陆地生态旅游资源主要有分布和外貌差异巨大的森林旅游资源、具有重要服务功能的湿地景观资源等；水体生态旅游资源主要有优美舒适的湖滨、山清水秀的胡泊、使人身心俱宜的温泉、壮美多姿的河流；农业生态旅游资源主要有富有韵律的田园风光，休闲垂钓的渔区，鸡犬相闻、山水相悦、热情好客的农家；科普生态旅游资源有研究和普及动物、植物科学知识的宣教区与服务基地；文化生态旅游资源主要有红色文化、历史遗迹、民风民俗等旅游资源，不仅可以增强旅游者的文化自信，也可领略不同的地域风情。    

保护区自成立以来，认真贯彻执行有关法律法规，遵循自然规律和经济规律，坚持有利于自然保护区和生物多样性保护、有利于生态环境建设、有利于国民经济和社会发展的原则，以保护为根本、以改革为动力、以发展为目的，科研创新，调动全社会各方面力量，走有中国特色自然保护区发展之路。